主条目：叙利亚内战
2011年1月下旬开始，叙利亚爆发了大规模的反政府示威，巴沙尔及其政府正面临着执政危机。2011年1月31日，《华尔街日报》采访了总统巴沙尔·阿萨德，他表示现在是时候开始改革了；对于发生在突尼斯，埃及和也门等国的运动的看法时，他说中东已经到了一个新时代，阿拉伯统治者需要做更多改变以适应民众不断崛起的经济需要和政治诉求。[13][14]
巴沙尔曾表态叙利亚不会受到埃及示威运动的影响。[15]阿萨德的顾问夏班指责逊尼派教士们煽动了逊尼派民众的叛乱。[16]
2012年3月15日，联合国秘书长潘基文在叙利亚冲突爆发一周年之际再次发出呼吁，要求叙利亚各派结束一切暴力行为，通过和平手段解决危机。潘基文在3月15日发表的一份书面声明中指出，一年前的今天，叙利亚民众走上大马士革街头，他们呼吁权利和自由的和平示威运动，在几天内得到了来自其他城市民众的响应。然而，叙利亚当局却对此予以镇压，加上不明武装分子多次策动袭击，导致远远超过8000人死亡，包括大量平民与一部分士兵。[17]
2014年6月3日，叙利亚举行自阿萨德家族1970年上台以来首次举行的差额总统选举，结果，巴沙尔·阿塞德以88.7%当选，成功连任。
6月4日，叙利亚人民议会议长拉哈姆宣布，现任总统巴沙尔·阿萨德在3日举行的总统选举中胜出，成功连任。[18]《纽约时报》认为，这场选举“不过是阿萨德进行自我炫耀的一场把戏”，该投票缺乏公正性。[19]
另外，叙利亚反对派还针对这次投票上传了一段影片，在影片的末尾，一名男子把垃圾丢进了一个外观与投票箱相似的垃圾箱里。[20]
2017年4月6日，美国总统川普晚间下令驻地中海美国海军，向叙利亚政府军霍姆斯空军基地，发射五十九枚“战斧”巡弋飞弹，制裁总统阿萨德。政府军四日疑似使用沙林毒气，攻击该国西北部由反抗军占领的伊德利卜省汗舍孔镇，造成包括儿童在内上百人伤亡的惨剧。美国国防部官员6日深夜强调，此次军事行动是一次性，美国无意加深涉入叙利亚内战。2017年9月，联合国战争罪调查员正式指控叙利亚政府对汗谢洪的沙林袭击事件中，造成83人死亡，近300人受伤。国际调查委员也记录了2013年3月至2017年3月期间在叙利亚发生的25起化学袭击事件，其中20起是由政府军实施的，主要是针对平民。[21]
2019年11月，阿萨德在鲁普雷访问中再度指控美国“资助恐怖份子”打击叙利亚政府与其盟友。[22]
快速垮台
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主条目：2024年叙利亚反对派攻势和阿塞德政权垮台
2024年11月下旬起，反抗军在该国西北部开始发动攻势，快速接连拿下阿勒颇、哈马、霍姆斯等重镇，加上南部东南部的反对派武装逐渐包围首都。2024年12月，反抗军攻占叙利亚首都大马士革，叙利亚总统家属据称已离开叙利亚，巴沙尔本人下落不明。[23]路透社后来报道，叙利亚总统巴沙尔从首都大马士革乘坐飞机，往海岸地区自己的根据地时，飞机在地图失踪。报道引述叙利亚消息人士指，如果巴沙尔在机上且万一失事，很可能已经丧生。[24]
后来俄罗斯宣布，巴沙尔及其亲人已经飞抵莫斯科，并且获得庇护，[25]并且阿萨德也不再是叙利亚总统。[26]数日后一份声明中，他否认逃亡而是跟随俄军行动，不过此前似乎转移了相当的资产[27]。
被新政府通缉
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2024年12月，叙利亚新领导人阿布·穆罕默德·朱拉尼领导的临时政府悬赏1000万美元通缉前总统巴沙尔·阿萨德，声称其“必须为叙利亚人民的贫困、饥饿和社会动荡负责。”[28]2025年1月下旬，俄罗斯官方代表团对叙利亚进行首次正式访问，叙利亚新政府在会谈期间要求莫斯科“意识到过去的错误”，并要求引渡前总统阿萨德。[29]